分居婚姻关系是不会自动无效的，只要双方分居满两年以上，且双方感情不合等情形是可以协议离婚的，如果无法协议离婚是可以携带相关材料到法院起诉离婚。
一、分居婚姻关系自动无效怎么办
分居婚姻关系都不会自动无效的。婚姻关系只能通过离婚登记或者法院判决或调解的方式解除。但是，按照《民法典》的规定，夫妻因感情不和分居满二年，则构成夫妻感情确已破裂，在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予离婚。但非因感情不和而分居的，不能适用该项规定。
二、破坏婚姻关系违法吗
破坏婚姻关系是违法的。合法的婚姻关系是受我国法律保护的，破坏他人婚姻也是不道德的，有违公序良俗，但目前没有法律规定对破坏一般人婚姻需进行处罚，但是构成重婚罪的以及破坏军婚罪的，已经纳入刑事犯罪，是会被追究刑事责任的。
根据《中华人民共和国民法典》第一千零四十一条婚姻家庭受国家保护。
实行婚姻自由、一夫一妻、男女平等的婚姻制度。
保护妇女、未成年人、老年人、残疾人的合法权益。
《中华人民共和国刑法》第二百五十八条
有配偶而重婚的，或者明知他人有配偶而与之结婚的，处二年以下有期徒刑或者拘役。
三、配偶死亡婚姻关系多久解除
配偶死亡婚姻关系自配偶被宣告死亡之日解除。被宣告死亡的人的婚姻关系，自死亡宣告之日起消灭。死亡宣告被撤销的，婚姻关系自撤销死亡宣告之日起自行恢复。
《中华人民共和国民法典》第五十一条
被宣告死亡的人的婚姻关系，自死亡宣告之日起消灭。死亡宣告被撤销的，婚姻关系自撤销死亡宣告之日起自行恢复，但是其配偶再婚或者向婚姻登记机关书面声明不愿意恢复的除外。