堵车时占用应急车道的处罚方式为扣六分，罚款两百元。机动车在非紧急的情况下不能在应急车道行驶或者停车，因为应急车道是给工程救险、消防救援、医疗救护或民警执行紧急公务等处理应急事务的车辆使用的，若无正当理由占用应急车道将会导致上述特殊情形错过黄金时间，导致不利后果。
一、堵车时占用应急车道应如何处罚
堵车时占用应急车道的处罚方式为扣六分，罚款两百元。在高速公路占用应急高速公路上违法占用应急车道行驶的，根据《道路交通安全违法行为记分分值》第二条规定，驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的，一次扣六分。
法律依据：
《道路交通安全法实施条例》第八十二条规定，机动车在高速公路上行驶时，在非紧急情况时不能在应急车道行驶或者停车。
《道路交通安全违法行为记分分值》第二条规定，驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的，一次扣六分。
二、应急车道什么情况下可以使用
应急车道是在紧急情况下才能使用，具体紧急情况如下：
1.车辆发生突发故障：在车辆发生突发故障无法正常行驶的时候，包括爆胎，发动机异常，变速箱不工作等，总之是当车辆无法正常行驶时，或者已经危及到车内乘客的安全时，就可停靠在应急车道上；
2.车内乘客突发疾病：车内乘客突发疾病时。但有一点需要特别说明：在生命没有危险的情况下，紧急车道不能被占用；
3.产妇生产、考生赶考。
三、什么是应急车道
应急车道是指在城市快速路及高速路两侧仅供应急车辆使用的道路，包括警车、消防车、救护车、工程救险车等在执行紧急任务时，可以在应急车道内行驶，其它社会车辆在非紧急状况下禁止在应急车道上停车或行驶。应急车道主要在城市环线、快速路及高速路两侧施划，专门供工程救险、消防救援、医疗救护或民警执行紧急公务等处理应急事务的车辆使用，任何社会车辆禁止驶入或者以各种理由在车道内停留。