检测器温度一般高于柱温30摄氏度，或等于气化温度，以避免色谱柱流出物在检测器中冷凝污染检测器。
对于fid首先保证样品在fid内部冷凝，才能进行检测，其次，fid温度不可低于100摄氏度，以避免水蒸气在检测器冷凝，导致检测器内电绝缘下降，引起噪声骤增，所以fid停机时必须在100摄氏度以上灭火，这是fid使用时必须严格遵守的操作。
应注意不同检测器的温度要求区别。
fid温度一般设在200摄氏度以上。
检测器池体温度不能低于样品沸点，以免样品组分在检测器内冷凝，因此对于某些样品由于其沸点的限制，采用降低温度法提高灵敏度是有限的，而对于气体样品，特别是性气体，此法可取的良好的效果。
对于fpd，基于其检测原理，硫、磷的光谱发射需要一定的温度条件，一般讲温度低一些有利于提高样品的灵敏度，因此为防止湿气与污染物的干扰，fpd在整个色谱系统中温度，通常比柱温高50摄氏度以上。