感情不和分居三年的双方可以协议离婚或者诉讼离婚，协议离婚的可以去婚姻登记机关办理离婚登记手续，诉讼离婚的需要当事人准备好起诉状等材料去被告住所地法院提起离婚诉讼。
一、感情不和分居三年怎么办
感情不和分居三年可以协议离婚或者诉讼离婚；协议离婚的去婚姻登记机关办理离婚手续；向人民法院起诉离婚，人民法院判决准予离婚的，判决生效就解除了婚姻关系。
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
二、感情不和的证据有哪些
证明感情不和的证据有书证、物证、视听资料等符合法定的证据种类的证据，例如夫妻分居协议、双方来往的聊天记录、邮件等。但证据必须是当事人依法收集的，并且需要是真实可信的。
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十三条规定，证据包括：
（一）当事人的陈述；
（二）书证；
（三）物证；
（四）视听资料；
（五）电子数据；
（六）证人证言；
（七）鉴定意见；
（八）勘验笔录。
证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。
三、离婚财产分割协议公证有用吗
离婚财产分割协议公证有用，进行公证对自己的利益能够得到充分的保护。经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。
根据《公证法》第36条规定：经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。