微生物通常是饮料变质的首要原因。
在无菌灌装体系中，瓶器及瓶盖在进行灌装之前是需求通过灭菌消毒的。制备好的产品敏捷加热到安稳的温度（依据所处理的产品不同，温度也有所不同，如蕃茄汁的温度约为110-115oc, 而酸性茶饮料则只需84-86 oc），在这个温度保持一定的时刻（保持时刻也跟着所处理的产品不同而不同，规模从5 – 30 秒不等），然后产品敏捷冷却到常温进行灌装。最终一个重要的细节是：一切处理瓶器、压盖及随后的灌装、封瓶的设备都是在无菌室内进行的。
产品制备
无菌灌装机与传统灌装技术（热灌装或增加防腐剂的灌装）比较，无菌包装的工艺无疑要复杂一些，但因为避免了产品的长时刻受热及没有增加防腐剂，从而极限地保存了产品的养分和天然口味；别的，包装进程更精细了，灌装中的各种参数也可得到有用操控。
无菌灌装的另一优势在它所处理的瓶器。因为灌装在常温下进行，瓶器无需耐热，瓶器的本钱得以减少，并且也更简单满足商场对瓶型及规格的需求。瓶器的低本钱也意味着能赶快回收无菌灌装体系的较高的初始出资。
现在首要是运用稀释的化学消剂过氧乙酸（过氧化氢及过乙酸的混合物），进行灭菌，然后再用无菌水冲刷来铲除残余的化学药剂。
冷却
把分配好的产品加热至预设温度进行灭菌，然后再冷却到常温。这个进程是通过热交换器来实现的：无果肉产品可用板式热交换器，含果肉或高纤维含量的饮料可用管式热交换器。
灭菌机通常会配有脱气装置，它可以尽可能地脱去产品中的空气，以避免氧化及在灌装进程中的发泡。
灌装
通过带流量计的电子阀来操控灌装量。灌装阀及瓶子不接触。出产线的首要机器及体系：瓶子及瓶盖的灭菌机、冲瓶机、灌装机、封盖机。这些机器都是在关闭的室内，室内空气的无菌级数为100级，相对于外界环境压力为正压，空气的湿度及温度也是可以操控的。
机器灭菌
在上一批出产结束之后及下一批出产之前，，除了传统的cip之外，无菌体系还要进行sip，即对产品回路及附属设备进行灭菌处理；以及cop，即对机器的外外表及无菌室的内墙进行泡沫冲刷。产品回路的消毒是通过过热水（130oc）来进行的。
生产，冲刷以及机器灭菌的各个阶段都是全自动进行的。一切要害的作业参数都能监控及记载。
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