dna双螺旋模型的发现让人们认识到,生命最根本的基石是4个“碱基字母”及其相应的“书写规则”。现代分子生物学的发展对dna的研究有了更精准的认识;dna提取是分子生物学实验中的实验步骤。
常规的dna提取研究者们可以轻松掌握,让人困扰的是一些特殊样本的提取,比如土壤dna提取、粪便dna提取,这类样本含有大量的杂质,提取纯度差、得率差是常常遇到的问题。翌圣生物经过匠心打造,自主研发出高性能的土壤dna提取试剂盒和粪便dna提取试剂盒,助力微生物组学的研究!
土壤dna提取土壤中的微生物多种多样,同时,土壤样本中常含有大量的抑制剂(腐殖酸、黄腐酸等腐殖质),腐殖质容易与核酸一起被抽提,且会影响dna聚合酶活性,进而影响下游pcr及测序过程。获取土壤样本微生物dna是土壤研究的第一步,也是下游实验能否成功进行的最关键的一步。
土壤提取的难点及解决方案难点一:提取的 dna 得率低样本微生物含量低:增加样本量;调节样本的含水量等因素来优化裂解条件。
裂解不充分:增加物理破碎的时间和次数。
洗脱不充分:建议二次洗脱增加产量或提高洗脱体积。
难点二:提取的核酸出现降解,跑胶有弥散现象
优化裂解条件,避免过度裂解,降低物理破碎的力度;
操作过程中是否有污染 daase,造成 dna 降解;
可能有大量rna的污染,可加入rnase i。
难点三:提取dna 的纯度过低,残留抑制物影响下游实验
样本复杂含有有机质高:需要特别去除杂质,必要时可以使用 pbs 清洗土壤并收集菌体;
杂质去除效果差,杂质残留多:选择有去除蛋白、腐质酸等复杂抑制物的去杂剂;
乙醇等没有充分挥发:晾晒步骤要充分,使醇挥发。
产品推荐molpure®soil dna kit(cat#18815es),能高效获得土壤dna,有利于实现后续对土壤微生物生态系统多样性的研究。
产品特点操作便捷:室温操作,仅需35min即可回收dna。
产量高:玻璃珠能高效裂解土壤微生物,释放更多dna,最大限度地提取其产量。
适用范围广:适合花坛土、花盆土、农田土、山林土、淤泥、黑土等各类型土壤。
纯度高:有效去除土壤中腐殖酸、重金属离子等杂质,并与离心柱法纯化相结合,提高了dna的纯度。
操作流程
图1 土壤dna提取操作流程图
产品性能250mg池塘土壤样本,分别用18815es和竞品提取,洗脱体积50μl,18815es相对竞品展现出更优异的dna浓度和纯度。
表1 dna提取浓度和纯度
图2 土壤dna琼脂糖凝胶电泳图
粪便dna提取肠道微生物的种类、数量、生理活动等,参与影响人体多种生理机能,并与部分疾病的发生紧密相关。粪便中含有的成分非常复杂,包括包括水分、蛋白质、无机物、脂肪、未消化的食物纤维、脱了水的消化液残余、维生素k、维生素b等,因此从粪便中提取核酸并非易事。
粪便提取难点及解决方案难点一:粪便中革兰氏阳性菌难以破壁
加入裂解液后充分震荡混匀;
针对含革兰氏阳性菌等较难裂解的粪便样本,可提高样本裂解的温度。
难点二:提取dna中的残留物质抑制下游实验
转移上清时避免吸到粪便颗粒;
去除杂质时,应充分震荡混匀;
对于非常干燥的粪便样本,需要适当减少样本量。
产品推荐molpure®stool dna kit 粪便 dna 提取试剂盒(cat#18820es),能高效提取粪便dna,有利于实现后续对肠道微生物生态系统多样性的研究。
产品特点操作便捷:室温操作,仅需35min即可回收dna。
产量高:裂解液配方,释放更多dna,最大限度地提取其产量。
纯度高:杂质去除剂配方,能很大程度去除粪便中的杂质,并与离心柱法纯化相结合,提高了dna的纯度。
操作流程
图3 粪便dna提取操作流程图
产品性能来自8位自愿者的粪便样本,取200mg样本,采用18820es和竞品提取粪便dna,洗脱体积50μl, 18820es相对竞品展现出更优异的dna浓度和纯度。
表2 粪便dna提取浓度和纯度
图4 粪便dna提取琼脂糖凝胶电泳图
产品推荐产品编号
产品名称
产品应用
18815es
molpure®soil dna kit
土壤dna提取
18820es
molpure®stool dna kit
粪便dna提取
dna提取相关产品产品编号
产品名称
产品应用
18700es
molpure® cell/tissue dna kit
细胞/组织dna提取
18725es
molpure® marine animals dna kit
海洋动物dna提取
18730es
molpure® blood dna kit
血液dna提取
18780es
molpure® micro dna kit
微量dna提取
18800es
molpure® plant dna kit
植物dna提取
18801es
molpure® plant plus dna kit
多糖多酚植物dna提取
18806es
molpure® bacterial dna kit
细菌dna提取
18812es
molpure® fungal dna kit
真菌dna提取