聚丙烯酰胺凝胶电泳色谱仪是以聚丙烯酰胺凝胶作为支持介质进行电泳分离，聚丙烯酰胺凝胶具有机械强度好、有弹性、透明、化学性质稳定、对ph和温度变化小、没有吸附、电渗作用小等特点，是一种很好的支持介质。
一、聚丙烯胺凝胶聚合方式：
聚丙烯酰胺凝胶是由单体丙烯酰胺（ch2 = ch－co－nh2，简称acr）和交联剂n，n′－甲叉双丙烯酰胺（ch2 = ch－co－nh－co－ch = ch2，简称bis）在催化剂过硫酸铵（ap）和加速剂n，n，n′，n′－四甲基乙二胺（temed）作用下聚合交联而成的三维网状凝胶，凝胶孔径大小由丙烯酰胺的浓度决定。
二、电泳类型：
1、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳：
在不含变性剂的中性聚丙烯酰胺凝胶中电泳时，dna单链的迁移率除与dna链的长短有关外，更主要的是取决于dna单链所形成的构象。在非变性条件下，dna单链可自身折叠形成具有一定空间结构的构象，这种构象由dna单链碱基决定，其稳定性靠分子内局部顺序的相互作用（主要为氢键）来维持。相同长度的dna单链其顺序不同，甚至单个碱基不同，所形成的构象不同，电泳迁移率不同。
由于分子的空间结构影响，同等大小的dna之间的电泳迁移率可相差10%。因此，不能用非变性聚丙烯胺凝胶电泳判断dna分子大小。
2、变性聚丙烯胺凝胶电泳：
（1）dna变性：采用加热、极端ph、有机溶剂、尿素或甲酰胺导致dna解链。
（2）凝胶中加入变性剂：5m的尿素，使dna为单链线性，变性dna的移动速度与其碱基组成和序列几乎完全无关。
变性聚丙烯胺凝胶电泳可用于dna序列分析等。
三、应用：
聚丙烯酰胺凝胶电泳适于分离小分子量蛋白质、小于1kb的dna片段和dna序列分析，装载的样品量大，分辨率高，回收dna纯度高即能分离长度仅相差0.2%（即500bp中的1bp）的核苷酸分子。