综合工时制加班费的计算方法根据具体的加班时间的不同而有所不同，如在工作日的加班费为不低于劳动者本人小时工资标准的150%进行支付。加班费的计算基数的确定方式有，如果劳动合同有约定的则以劳动合同上约定的本人工资为准等。
一、综合工时制加班费怎么计算
综合工时制加班费的计算方法：工作日的加班费按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付；休息日按照不低于劳动者本人小时工资标准的200%支付；法定节假日则支付不低于工资300%的报酬。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
二、加班费的计算基数怎么确定
加班费的计算基数的确定方式如下：
1.按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定；
2.没有约定的，按集体合同约定的加班工资基数确定；
3.劳动合同、集体合同均未约定的，可按劳动者本人所在岗位（职位）正常出勤的月工资的70%确定。
三、加班费要扣税吗
加班费要扣税。加班工资属于员工正常的薪资，并不属于国家统一规定的免税项目，所以加班费应当计入个税起征点，即并入当月的工薪收入的个人所得税，进行依法纳税。
法律依据：
《个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。