农村征地补偿纠纷以土地承包经营权纠纷为案由立案，土地补偿款纠纷适用诉讼时效，诉讼时效是六个月。当事人对补偿款或者征地方案有异议，行政行为损害到自身的合法权益时，可以提起行政诉讼或者复议。复议。
一、农村征地补偿纠纷以什么案由立案
农村征地补偿款纠纷应该以土地承包经营权纠纷或是农村土地承包合同纠纷为案由立案。
土地承包经营权纠纷，在其项下又分为土地承包经营权确认纠纷和承包地征收补偿费用分配纠纷四级案由，前述８种类型的矛盾纠纷的前７种即确定为此类案由。
村土地承包合同纠纷，在其项下又分为土地承包经营权转包合同纠纷、土地承包经营权转让合同纠纷、土地承包经营权互换合同纠纷等５种四级案由。
二、补偿款纠纷适用诉讼时效规定吗
补偿款纠纷适用诉讼时效是六个月，我国法律规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
友情提醒，因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
三、怎样处理农村房屋拆迁补偿纠纷
农村拆迁补偿款纠纷处理方式如下：当事人首先可以申请行政复议,也可以依法提起行政诉讼。我国法律规定,被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的,可以依法申请行政复议,也可以依法提起行政诉讼。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十四条， 被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的,可以依法申请行政复议,也可以依法提起行政诉讼。
第十六条 ，房屋征收范围确定后,不得在房屋征收范围内实施新建、扩建、改建房屋和改变房屋用途等不当增加补偿费用的行为;违反规定实施的,不予补偿。