通过在线监测氨氮的浓度值来选择过渡区的运行状态(曝气还是搅拌)。比如北方地区冬季温度较低，硝化过程受抑制，即使在增加硝化区容积条件下，仍不能有效降低出水氨氮的浓度，而曝气池中的溶解氧浓度已经超过上限阈值(如2mg/l)。在这种情况下，控制系统应以溶解氧浓度为被控制参数对供氧强度实施限定性调节，将溶解氧浓度控制在2mg/l左右，当氨氮浓度过低时，转换到以氨氮浓度作为目标参数控制供氧强度。
如果溶解氧浓度已经维持在较高值，但氨氮浓度仍不能达到出水要求，需增加硝化区的 容积，即将好氧过渡区作为硝化用；如果氨氮浓度已经很低，则好氧过渡区应作为反硝化用，以尽可能多地进行反硝化。这种控制措施可以根据不同的进水负荷和条件，自动地改变硝化区和反硝化区的容积比例，以大限度地满足硝化和反硝化的要求。通过氨氮分析仪控制好氧过渡区的运行状态见图6-54。