对于阴离子交换色谱柱，通用有三种清洗方式，分别用于清洗酸溶性、碱溶性或有机污染物，在清洗过程中必须要确保严格按照清洗过程进行，否则会引起色谱柱的局部高压而损坏色谱柱。对于有机溶剂清洗色谱柱，需要逐步减******机溶剂的量以避免由于混合的流动相黏度的变化。
（一）选择合适的清洗溶剂
1对低价亲水污染物：用10倍的淋洗液；
2对高价亲水污染物：用1~3mol/l的盐酸做淋洗液；
3对金属污染物：会引起色谱峰不对称性，可采用络合剂酸类，如0.2mol/l草酸；
4有机污染物：有机污染物会引起色谱柱效降低，可以采用兼容的有机溶剂清洗，有时也可以采用高浓度的盐酸与有机溶剂混合清洗则更有效。
（二）清洗过程
1配制500ml合适的清洗溶液；
2断开抑制器中，分别清洗保护住和分离柱，如果分离柱和保护住串联清洗，则将保护柱接在分离柱之后；
3设置流速对2mm色谱柱采用0.5ml/min，而对4mm色谱柱采用2ml/min
4用二次去离子水冲洗色谱柱15min；
5用清洗液清洗色谱柱60min；
6用二次去离子水冲洗色谱柱15min；
7连接抑制器，用淋洗液平衡色谱柱。
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