对于冻干制品要求含水量≤3％。冻干制品含水量偏高会使产品分解、收缩。
造成制品含水量偏高的原因主要有：
1.药液装量过多。
药液装量的厚度一般为10-15mm，不宜超过15mm，如灌装的体积较大，可以考虑更换更大规格的容器，以降低药液厚度。
药液过厚会使干燥的过程中传热效果变差，不利于除去制品中的水分，出现制品中水分过高的现象。
2.干燥后的制品重新吸潮。对易吸潮的品种，若干燥后处理不当，制品就会重新吸潮，使制品中含水量升高。
若放气时气体进入冻干箱，就需要对进入冻干机内的气体进行除菌过滤以及干燥处理；
出箱时制品的温度也会对制品的含水量产生影响，因此出箱时的制品温度要比洁净室温度以防止空气中的水分凝结在制品上。另外高2-3℃，还有洁净室相对湿度应严格控制在50％以下。