色谱柱键合基质分为硅胶基质、聚合物基质等，其中硅胶基质应用较为广泛，其特点主要包括以下3方面：
（1）低ph值，硅胶键合键容易水解(ph<2)；高ph值，硅胶容易溶解（ph>8）。
（2）在接近中性的条件时，硅醇基裸露，显酸性，不适宜分离碱性化合物。
（3）某些硅胶被一定金属污染，这些金属会引起峰的不对称或拖尾，甚至化合物的死吸附。
如何保证硅胶基质色谱柱的性能与柱寿呢？
1、认证阅读色谱柱使用说明书；
2、使用填充良好的色谱柱；
3、尽量减少压力波动，避免机械及热冲击；
4、使用保护柱及在线过滤器；
5、经常以强溶剂冲洗色谱柱；
6、充分过滤样品及流动相，尽量避免杂质微粒与强保留成分；
7、用稳定的固定相（c18*稳定）；
8、在中等ph值操作（6~8），用有机缓冲溶液；
9、色谱柱使用温度小于40℃；
10、应保持流动相的ph值范围在3.0~8.0；
11、在水流动相与缓冲溶液中加200ppm的叠氮钠；
12、流动相中含有缓冲溶液，应注意应95∶5的水及有机溶剂过渡，有机溶剂不能低于5%；
13、过夜或贮存时，冲洗掉盐和缓冲液，用纯有机溶剂流动相保存。