膜污染是指反应器在过程中由于废水中的微小颗粒、胶体或大分子溶质在膜表面发生物理化学等相互而造成的膜孔堵塞现象。污染的类型主要表现为孔口堵塞、孔内沉积、和表面污染(污泥层形成)以及各种污染形式的组合。
影响膜污染的因素主要包括膜材质、膜孔径、膜的亲水性、膜表面粗糙度、电荷性质和密度等。膜组件根据膜材料的不同主要分为机膜和机膜，其中于膜生物反应器中的膜主要是机膜，较机膜而言使用寿命较长，不易形成膜污染现象。膜的孔径大小及分布对膜污染也一定的影响，溶液性质不同、颗粒大小分布不同，需采用不同孔径的膜材料。与较大孔径的膜相比，小孔径膜更容易截留溶液中的污染物，因此而产生沉积层，增加膜阻力，加重膜污染现象。膜材料的憎水性对膜污染也会产生影响。
膜污染主要分为以下几类：
(1)短期污染，短时间内由于浓差化、凝胶层的形成使膜通量急剧下降，其为可逆污染，通过反洗，可以迅速去除恢复。
(2)污染，废水中的微小颗粒与膜表面发生的而产生的膜污染现象，其为不可逆污染，可以通过化学药剂清洗方法恢复。
(3)不可逆膜污染，由于反应器的而产生的不能被去除的污染。
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