普通的基因扩增仪(pcr仪)只能够定性地分析是否存在目标片段。但是价格要低很多，而且运行成本也要低很多。不过不能直接得到扩增结果，还需要做电泳检测。实际中检测遗传疾病，品种分子标记筛选，甚至亲自鉴定等都可以由普通pcr仪完成。
但是，某些需要定量的实验就必须用到实时定量pcr了。比如检测某些病原物的数量(血液乙肝病毒复制程度)，特定基因的表达量(比如结合反转录做的rna定量分析)，某些基因在染色体组中拷贝数(以前往往使用southern blot技术)等等。
荧光定量pcr仪与普通的pcr仪相比，多了荧光信号采集系统和计算机分析处理系统。荧光定量prc一般不需要对扩增产物进行电泳分析，操作相对简单些，但是耗材实在是贵。荧光定量pcr仪除了扩增，还能在扩增的同时检测dna发出的荧光信号，试剂和仪器都更贵。
总之，实时荧光定量pcr仪主要是用来定量分析和确定基因转录水平的，而普通的pcr仪是做定性分析和扩增基因片段，定量pcr仪可以做普通pcr仪的工作，而反之就不行了，况且这样代价太大了，一般的实验室都不允许这样做的。两者的功能不能互相取代。