毛样枝孢霉探针法荧光定量pcr试剂盒所使用的荧光物质可分为两种：荧光探针和荧光染料。现将其原理简述如下：
1. taqman荧光探针：pcr扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收；pcr扩增时，taq酶的5'－3'外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号，即每扩增一条dna链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与pcr产物形成*同步。而新型taqman-mgb探针使该技术既可进行基因定量分析，又可分析基因突变（snp），有望成为基因诊断和个体化用药分析的技术平台。
2. sybr荧光染料：在pcr反应体系中，加入过量sybr荧光染料，sybr荧光染料非特异性地掺入dna双链后，发射荧光信号，而不掺入链中的sybr染料分子不会发射任何荧光信号，从而保证荧光信号的增加与pcr产物的增加*同步。sybr仅与双链dna进行结合，因此可以通过溶解曲线，确定pcr反应是否特异。产品仅用于科研
3. 分子信标：是一种在5和3末端自身形成一个8个碱基左右的发夹结构的茎环双标记寡核苷酸探针，两端的核酸序列互补配对，导致荧光基团与淬灭基团紧紧靠近，不会产生荧光。pcr产物生成后，退火过程中，分子信标中间部分与特定dna序列配对，荧光基因与淬灭基因分离产生荧光 。