一般杀菌锅设备内所生成的水垢是有钙离子与镁离子所生成的，其是呈碱性的一种物质，所以在对其进行清洗的时候一般是使用含酸性的试剂来进行去除的，这样可以通过将碱性与酸性进行中和反应，使得其能够快捷有效的进行清洗。
杀菌锅清洗水垢时，首先是对设备直接进行机械清洗，只有当机械清洗无法起到较为良好的清洗效果时才会使用化学试剂来进行清洗。而能够对水垢起到较好清洗效果的试剂有：除垢剂、缓蚀剂以及缓冲剂。这些试剂都属于混合类的化学试剂，对金属材料造成的腐蚀性较低，并且有较为良好的除垢效果。
杀菌锅内部的水垢是由于设备在长时间的运行后，会因为水质等原因而导致产生的，水垢会对设备的杀菌效果产生一定的影响，从而能够使得需要杀菌的产品上出现污染物。所以需要定期的设备进行清洗，而清洗的间隔应视水质等因素的影响。
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