一、借款合同纠纷案件应该怎样处理好
主要分两大类，即正常途径和特殊途径。特殊途径包括：协商、调解、仲裁、判决。
1.正常途径是债务人依据约定履行债务时所采用的方法。如企业到期足额以现金或银行存款还银行贷款、支付供货厂商的应付货款;用合质合量的产品或劳务偿付预收货款等。
2.特殊途径是由于债务企业暂时的偿债能力或约定条件的变更等原因，不能履行其债务时所采用的方法。依具体情况的不同，采用协商、调解、仲裁、判决的方式。
（1）协商
它是因债务人的原因到期不能履行债务，经与债权人协商，由债权人做出让步，同意延期偿还并免除债务人违约责任的一种方法。在我国法律中，比较鼓励这一和解纠纷的方式。因为：
①有利于债权债务企业之间保持良好的业务关系;
②又可避免采取其他方式所花费的开支。但这一方法只有在债权人对债务人有同情或乐观预期时才使用。
（2）调解
因债务人的原因不能约期履行债务而又不能与债权人协商一致时，经由中间人调停，促成双方当事人谅解，达成新的协议，使债务得到解决的一种方法。具体形式有：行政调解、仲裁调解和司法调解。
（3）仲裁
双方当事人将争议交给共同信任并无直接利害关系的第三者或专业仲裁机构做出裁决，双方有义务履行的解决债务纠纷的方法。尽管仲裁不具有一定的法律约束力，但作为法律的仲裁制度，还是具有一定的法律强制力即一方当事人在规定的期限内不履行裁决，另一方可申请人民法院强制执行。
（4）诉讼
双方当事人不能通过协商等方式解决债务纠纷，当事人的一方到法院起诉，请求法院通过审判程序解决债务纠纷的方法。其结果是：债务人或履行原有债务，或按规定向对方支付违约金和赔偿因欠债而给债权人造成的损失。它是一种强制手段即发生法律效力判决的当事人如负有履行义务，就应自动履行，如不自动履行，人民法院的执行组织可根据债权人的申请或审判组织的移送，按执行程序强制执行。
二、借款合同纠纷管辖法院
借款合同当事人一般是金融机构与法人企业之间的借款关系，确定管辖权时，可以由被告住所地人民法院管辖，也可以由合同履行地人民法院管辖。
首先，借款合同中明确了履行地，双方争议应由履行地法院管辖；如果借款合同中未明确约定履行地，那么应依照最高人民法院关于如何确定借款合同履行地问题的批复法，即除当事人另有约定外，确定贷款方所在地为合同履行地。
若出借方（贷款方）即接受货币一方所在地（一般是向法院提起诉讼的原告人所在地）人民法院管辖。若借款合同签订后，出借人（贷款人）未履行义务，导致借款人向人民法院起诉，此时应履行义务的是出借人（即贷款人）一方，依照最高人民法院法规定，由贷款方所在地为合同履行地，此时应为被告所在地法院管辖（即贷款人所在地）。
三、借款合同纠纷时效多长
借款合同纠纷时效是三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，借款合同的当事人约定债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。