公司合同章应该由有权签订合同的部门主管管理，具体要看公司的内部结构如何安排，不同公司的保管部门不同，公司合同章丢失的应当及时登报声明作废并去公安机关补办。
一、公司合同章应该由谁管理?
公司合同章应该由单位内有权签订合同的部门主管管理，合同章应该由哪个部门负责具体要看一下公司的内部是如何安排的，有的保管的部门不一样，公司总办。按理说应该先经过法务审批，然后去总办盖章。一般情况下，合同章的管理部门一般有以下几个部门管理：销售部、财务部、法务部、公司办公室，所以要看公司是如何分配职责的。
二、合同章和公章的区别
公章是公司用于处理内外部事务的印鉴，公司对外的正式文件、报告、信函都需要使用公章进行盖印。合同章是公司与其他公司在业务上达成协议时，在双方订立的合同上盖印的章，盖了合同章的合同具有法律效力，合同双方若违反合同的相关规定，需要负相应的法律责任。需要注意的是：合同章只用于商业合同，但公章可以代替合同章使用。
三、公司合同章丢失怎么办
公章被抢、被盗或者因其他原因丢失的，应当立即向原办理刻制公章材料核实的公安部门如实报告，并在所在地设区的市以上公开发行的报纸上声明原公章作废；需要刻制公章的单位或者机构，应当将单位或者机构设立的批准文件、登记证书和要求刻制公章的证明，以及载明公章的名称、形状、规格尺度、材质、使用的文字和字体、排列的方法及其顺序等内容的材料，报所在地县级以上人民政府公安部门，经公安部门对上述材料以及是否已刻公章等情况核实并将信息录入印章治安管理信息系统，由该单位或者机构委托的公章刻制经营单位刻制。